システムが発行した解析タグを変更してもいいでしょうか？

基本的には、ご遠慮くださいませ。HTML的にエラーなどがあれば、適宜編集していただいても構いません。

http://www.mr-analizer.com へのリンクを除去していいですか？

よろしくないです。ですが、どうしても解析タグ中の当該個所を除去したい場合は、あなたのサイトトップページに以下のリンクをセットしてください。 <a href="http://www.mr-analizer.com/">アクセス解析</a> （フォントの大きさの調節は自由です）
可能でなければ、リンク非表示ライセンス をご覧ください。