http://www.mr-analizer.com のサイトのアクセスログを取得したいけれど、解析対象ドメインはこの場合どのように設定すればよいですか？

mr-analizer.com と設定してください。こうすると、www.mr-analizer.com や subdomain.mr-analizer.com, subdomain2.mr-analizer.com のアクセスログも取得します。分けたい場合は、www.mr-analizer.com と設定してください。

解析対象ドメイン以外のログは取得できないのですか？

解析対象ドメイン以外のログは基本的に取得できません。「ユーザー設定」項目に「置換URL」というものがあります。解析タグ設置可能なページであれば、この「置換URL」という機能を利用してアクセスログを取得できます。詳しくは解析画面の左ペイン「ユーザー設定変更」をご覧ください。